环境工程专业于2000年成立环境工程教研室，同年开始招收环境工程专业本科生，2006年获批环境工程二级学科硕士点并于同年开始招收环境工程硕士研究生，2011年经国务院审核批准获批“环境科学与工程“一级学科硕士点， 2012年成立环境科学与工程系。近年来环境工程相继获批安徽工程大学环境工程重点学科、安徽省省级特色专业、安徽省省级卓越环境工程师和安徽省省级专业综合改革试点等教研平台及多个企业共建科研平台。
目前专业固定教师16人，其中教授2人、副教授4人、博士13人，聘请了多名国内外知名专家学者
专业成立20余年来，环境专业被先后投入学科建设经费购置先进仪器设备及配套设施，围绕环境功能材料与污染治理，环境生态修复工程和城市水资源与水环境等方向，为安徽省人才培养、经济建设以及社会发展作出了重要贡献，已建设成为安徽省乃至全国重要的人才培养基地和安徽省环境工程产学研基地之一。