环境工程学科是安徽工程大学第一批重点建设学科，2006 年获批环境工程二级学科硕士点，2011年教育部批准设立环境科学与工程一级学科硕士点。本学科目前拥有硕士生导师10人，其中包括中科院百人计划、皖江学者特聘教授1名；导师中教授6名，副教授4名，博士5名。
学位点拥有“环境工程省级特色专业”、“ 省级卓越环境工程师”和“省级专业综合改革试点”等学科平台及多个环保企业共建科研平台，近五年来，承担包括国家自然科学基金、省部级纵向科研项目20多项及企业科技服务项目10多项，学科研究总经费575.5万元，国内外著名环境类刊物发表科研论文发表论文80余篇，其中SCI /EI检索25篇；申请发明专利30多项，授权发明专利14项，取得安徽省科技成果和教育部科技成果2项。
本学科团队学科点紧密围绕学校“以工为主，支撑产业，服务地方”的办学特色，立足安徽，展开环境工程与技术的科学研究，注重所研发技术的转化和工程应用，同时加快产学研转化，为地方经济建设提供技术支撑。